Banche Dati mitocondriali

Gli organismi eucariotici contengono nel citoplasma delle loro cellule organuli di vario tipo fra cui i mitocondri, il cui ruolo è di assoluta importanza in moltissimi processi metabolici e di funzionalità della cellula. Le numerose e interessanti proprietà del mitocondrio fra cui le piccole dimensioni del suo genoma hanno favorito numerosi studi e anche grandi e coordinati progetti di sequenziamento dei genomi mitocondriali di vari organismi. Numerose informazioni sono disponibili tramite le banche dati specializzate come le seguenti:

• GOBASE (Organelle Genome Database) è una risorsa genomica che raccoglie dati sui genomi di cloroplasti e mitocondri. I nomi dei geni sono annotati secondo un vocabolario controllato definito da esperti.



• MITOMAP (Human Mitochondrial Genome Database) è un report aggiornato ai dati pubblicati di tutte le variazioni riscontrate sul DNA mitocondriale di soggetti affetti da patologie e su soggetti i cui campioni sono stati prelevati per studi di genetica di popolazione. I dati sono annotati in forma tabellare e possono essere estratti attraverso l’utilizzo di un sistema di interrogazione semplice. Non è presenta alcuna relazione tra i dati per cui non è possibile effettuare statistiche sulla frequenza di variabilità di ciascun sito del genoma in cui siano state riscontrate e annotate mutazioni.



• Human MitBASE è una banca dati nata per raccogliere in un'unica risorsa integrata i dati sul mitocondrio di tutti gli organismi eucariotici. I dati sono organizzati in base a ogni individuo, alla sua origine geografica e alla sua descrizione dei dati clinici associati. Ogni entry raccoglie moltissime informazioni associate all’individuo e ciò implica un notevole dispendio di risorse umane e una difficoltà di mantenimento della banca dati stessa, che risulta meno aggiornata rispetto a MITOMAP.



• HrvBase è una banca dati che raccoglie i multi-allineamenti delle sequenze relative alle regioni di controllo del genoma mitocondriale dei primati.



• MITOP raccoglie informazioni su geni correlati alla funzionalità del mitocondrio di uomo, topo, lievito, Caenorhabditis elegans e Neurospora crassa. Ogni entry è associata a una proteina della quale sono annotate la classe funzionale, il codice dell’enzima, il complesso proteico di appartenenza della proteina, il peso molecolare, il punto isolettrico, etc.



• MitoNuc una banca dati di geni nucleari di metazoi per il mitocondrio. I dati sono estratti da SWISSPROT come sequenze mitocondriali di metazoi e vengono quindi accuratamente controllati e annotati con informazioni specifiche. Per quanto riguarda le proteine umane è riportata la localizzazione del gene sul genoma umano ottenuta attraverso analisi effettuate su Ensembl.



• AMmtDB è la banca dati dei multi-allineamenti di geni codificati da genomi mitocondriali di Metazoi. Ogni entry è gene e classe-tassonomica specifica.


• MITOCHONDRIOME è un sito web che raccoglie banche dati mitocondriali e informazioni correlate. Attraverso tale sito si accede alle banche dati Human_MitBase, MITONUC e AMmtDB oltre a dati ottenuti dall’analisi di variabilità e complessità di geni e egenomi mitocondriali di metazoi.
  
  
• PLMitRNA è una banca dati di molecole e geni di tRNA identificati nei mitocondri di tutte le piante verdi. Informazioni caratterizzanti il gene o la molecola sono annotate e possono esssere utilizzate per la ricerca dei dati. I tRNA possono essere selezionati per nome della specie o per raggruppamento tassonomico. Il multiallineamento di ciascun cluster di tRNA omologhi è anche disponibile.