CRITERI
Per la determinazione del grado di similarità tra sequenze di proteine possono essere applicati diversi metodi basati essenzialmente sulle proprietà chimico-fisiche degli aminoacidi omologhi
- Criterio di identità/non-identità, secondo il quale si attribuisce un punteggio costante alle coppie di residui identici con la possibilità di usare alfabeti differenti per la codifica degli aminoacidi.
Qui oltre al codice classico che per gli aminoacidi utilizza un alfabeto di venti lettere, possono essere utilizzati altri alfabeti che raggruppano gli aminoacidi sulla base delle loro similarità chimico-funzionali.
- Criterio del codice genetico, secondo il quale il punteggio di similarità per una coppia di aminoacidi è correlato al numero di sostituzioni nucleotidiche che sulla base del codice genetico è necessario per la loro interconversione.
Qui gli aminoacidi omologhi sono considerati tanto più simili quante meno sono le sostituzioni necessarie per la loro conversione.
- Criterio del codice genetico congiunto ad un peso legato alla similarità strutturale degli aminoacidi. Qui viene considerato congiuntamente il peso legato alla facilità di conversione tra gli aminoacidi e quello legato alle loro somiglianze strutturali (Feng et al., 1985).
- Criterio basato sui dati di interconvertibilità degli aminoacidi determinati dalla osservazione di insiemi di proteine omologhe:
- Matrici della Dayhoff: PAM
- Blocks Substitution Matrix: BLOSUM