Perchè penalizzare I Gaps?
Come penalizzare i gaps:
Il gap è penalizzato perchè si crea e quindi in base alla sua lunghezza. Ciò minimizza il numero di gaps in un allineamento.
Il gap è penalizzato in relazione alla sua lunghezza.
d è lo score di penalità per un gap lungo un carattere, g è la lunghezza del gap.