Prosite è una banca dati in cui ogni motivo è catalogato insieme con un’approfondita documentazione di carattere bibliografico a e informazioni sulla sensitività e specificità del motivo stesso.
La banca dati PROSITE contiene motivi codificati in due modi diversi: i pattern e le matrici.
I pattern sono motivi definiti con una sintassi riconducibile a espressioni regolari.
Le matrici sono invece definite facendo ricorso alle matrici posizionali di peso, compresi gli Hidden Markov Models.