Quasi tutti i polymorphic engine possono essere rotti usando queste semplici tecniche di crittoanalisi. Le cose possono diventare più complesse se si utilizzano più strati di cifratura.
Supponiamo che un motore cifri ciascuna unità con un ADD ed uno XOR:
Si vede facilmente che:
Ma ora abbiamo bisogno di ricavare o eliminare la chiave 
che non è tanto
facile essendoci lo XOR nel mezzo. Con ulteriori altri strati di cifratura, diventa praticamente
impossibile decifrare, ed il peso di ciò ricade tutto sulla complessità della routine di
cifratura. Per tale motivo i virus non utilizzano (ancora) schemi di cifratura più complessi
come il DES, IDEA, RC5, etc., che porterebbero a virus più grandi, più lenti e quindi facili
da rilevare.