Ordinamento attraverso le inversioni

Qui di seguito verrà introdotto l’evento evolutivo dell’ordinamento attraverso le inversioni, infatti nella loro forma più semplice, i fenomeni di riarrangiamento possono essere rappresentati da una serie di inversioni che trasformano un genoma in un altro. L'ordine dei geni (o meglio dei synteny blocks) in un genoma può essere rappresentato attraverso una permutazione π:  

π = π _{1 .......} π _i-1 π _i π _{i+1 ........} π _j-1 π _j π _{j+1 ........} π _n

π _{1 ........} π _i-1 π _j π _{j-1 ........} π _i+1 π _i π _{j+1 ........} π _n

L’inversione ρ ( i, j ) inverte gli elementi da i a j in π. Una inversione ρ(i,j) ha l’effetto di invertire l’ordine dei synteny block per esempio:

se π = 1 2 4 3 7 5 6, allora π · ρ(3, 6) = 1 2 5 7 3 4 6.

Con questa rappresentazione di un genoma, e una definizione rigorosa di un evento evolutivo, siamo in grado di formulare il problema computazionale che simula il processo biologico di riarrangiamento.

Successivamente si illustreranno alcuni dei problemi inerenti alla trasformazione di un genoma in un altro.