I Boot virus (vedi figura 2) infettano il Boot sector di un floppy disk e il Boot sector
o il Master Boot Record degli hard disk. Durante l'infezione il virus copia il Boot sector
(o MBR) originale su un altro settore del disco (per esempio il primo settore libero) e copia se
stesso nel Boot sector (o nel MBR). Se il virus è più grande della dimensione del settore
(512 byte), allora solo la prima parte del virus è piazzata nel Boot sector, mentre le altre
parti del virus sono installate in altri settori del disco, vedi figura 2.
Questi settori in genere vengono marcati come BAD sector.
Ci sono vari modi per installare sul disco il Boot sector infetto e la continuazione del virus: si può inserire il virus nei settori dei cluster liberi di un disco logico, oppure nei settori non usati del disco fisico, cioè quelli non appartenenti ad una partizione.
Nel primo caso, il virus deve gestire la File Allocation Table (FAT) ed in particolare deve marcare BAD i cluster corrispondenti ai settori occupati dal virus. Questo metodo, per esempio, è quello usato dai virus ``Brain'' e ``Ping Pong'' [Hof96].
Nel secondo caso, il virus utilizza dei settori del disco che non vengono usati o sono raramente usati. Su un hard disk questi settori sono quelli che si trovano tra il Master Boot Record e il Boot sector, mentre su un dischetto vengono usati i settori finali della root directory.
Ci sono anche altri metodi per installare un virus su un disco, per esempio, formattare una traccia addizionale (solo per i floppy), sfruttare i settori non utilizzati alla fine di una partizione e così via.