I file virus infettano i file eseguibili (EXE e COM), i device driver (SYS), e attualmente sono in grado anche di infettare i file documento (DOC) di Microsoft WORD. Infatti, attraverso le macro istruzioni (Word Basic) fornite dal programma, alcuni tipi di virus chiamati Word Macro virus sono in grado di passare da un documento all'altro (cfr. 5.6).
È possibile anche infettare i batch file (BAT), solo che questo tipo di virus è molto raro ed è facile da rilevare e cancellare.