BLAST

BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) Ŕ un programma per la ricerca rapida di similaritÓ di sequenza in banche dati di DNA e proteine, sviluppato e successivamente migliorato da Altschul e da altri ricercatori del NCBI a partire dal 1990. Come FASTA, anche BLAST si basa sull'indicizzazione di parole, ma i due programmi differiscono sia per il contenuto degli indici, sia per il modo di procedere dopo avere trovato parole comuni.
  L'algoritmo pu˛ essere diviso in tre parti.

Procedura di BLAST


I parametri principali usati dall'algoritmo di BLAST sono quattro: W, T, S e X. Particolarmente importanti sono W e T perchŔ determinano la grandezza della lista di W-mers.
  Un aspetto molto importante di BLAST deriva dalla sua base statistica estremamente solida che consente di produrre una stima accurata del significato di ogni allineamento. Il parametro T Ŕ generalmente impostato automaticamente dal programma.

Principali risorse disponibili in rete



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