Nel 1981 Smith e Waterman svilupparono un nuovo algoritmo dinamico per trovare anche allineamenti locali. Le differenze rispetto alla strategia per trovare allineamenti globali sono abbastanza semplici da capire.
- Per ottenere allineamenti locali si devono usare matrici di sostituzione che comprendano anche valori anche negativi, come le matrici PAM e BLOSUM viste precedentemente;
- Utilizza gli stessi criteri per l’assegnazione degli scores, solo che i percorsi possibili non sono solo le tre caselle a monte, ma c’è anche una nuova origine con score zero ogni volta che i tre percorsi di origine di una casella risulteranno tutti negativi.
Per recuperare il punteggio massimo di un allineamento locale, a differenza di quanto visto per gli allineamenti globali, non si deve limitare la ricerca all'ultima riga o all'ultima colonna perché gli allineamenti locali possono iniziare e terminare in qualsiasi punto della matrice e di conseguenza della sequenza. Generalmente non ci si limita a cercare un allineamento locale, ma tutti gli allineamenti locali che oltrepassino una soglia prefissata.
EsempioAllineamento locale calcolato con l’algoritmo di Smith & Waterman, adottando la matrice di sostituzione PAM 240 e una penalità di 5 sia per l’apertura sia per l’allungamento dei gap. Gli appaiamenti corrispondenti ai due migliori allineamenti locali sono evidenziati in grigio e hanno punteggi di 44 e 19.