Il dotplot è una semplice illustrazione che fornisce una visione generale delle similarità tra due sequenze. Meno ovvio è il suo stretto rapporto con gli allineamenti.
Il dotplot è una tabella o matrice. Le righe corrispondono ai residui di una sequenza e le colonne ai residui della seconda sequenza. Nella forma più semplice di dotplot, quando i residui sono diversi le posizioni corrispondenti vengono lasciate vuote, mentre vengono riempite quando i residui corrispondono. Tratti di residui corrispondenti costituiscono una diagonale nella direzione dall'angolo in alto a sinistra all'angolo in basso a destra.
Il dotplot dà una veloce raffigurazione visiva del rapporto tra due sequenze. I dettagli ovvi di similarità appaiono chiaramente.
Il dotplot cattura in una singola immagine non solo la similarità complessiva tra due sequenze, ma anche l'insieme completo e la relativa qualità dei diversi allineamenti possibili. Qualunque percorso attraverso il dotplot dall'angolo in alto a sinistra a quello in basso a destra, muovendosi a livello di ciascun punto solamente verso Est, Sud o Sud-est, corrisponde a un possibile allineamento. Se due sequenze sono strettamente correlate, l'allineamento può essere letto direttamente sul dotplot.
Interruzioni di diagonali o spostamenti di diagonali indicano la presenza di delezioni o inserzioni.
Le diagonali appaiono quando 2 sequenze sono sufficientemente simili.
Uno degli svantaggi del dotplot è che esso ha una scarsa capacità di entrare nel "regno" delle sequenze che presentano un basso grado di correlazione. Quando si fa un'analisi di sequenza, si dovrebbe sempre dare un'occhiata al dotplot per essere sicuri di non trascurare qualcosa di ovvio, tuttavia occorre essere preparati ad applicare degli strumenti più fini.
Spesso alcune regioni di similarità possono risultare spostate, in modo da apparire su diagonali parallele, ma non colineari. Ciò indica che ci sono state inserzioni o delezioni nei segmenti tra le regioni di similarità.