DIFFERENZE TRA PAM E BLOSUM

1. Le PAM fanno derivare le distanze evolutive dall’assunzione che le mutazioni siano successive, indipendenti e sommabili; le BLOSUM non fanno assunzioni, ma si basano sull’osservazione di allineamenti esatti reali.
2. L’indice PAM crescente indica scores per proteine più distanti tra di loro, esprimendo una distanza evolutiva; l’indice BLOSUM crescente indica proteine più simili tra loro, esprimendo il valore minimo di conservazione del BLOCK.
3. Le PAM tendono a premiare sostituzioni aminoacidiche derivanti da mutazioni di singola base più che motivi strutturali degli aminoacidi, come fanno invece la BLOSUM.