s(a,b) = int(10xlog(M(a,b)/C(a,b)))
dove int sta per intero del valore ottenuto moltiplicando per 10 il logaritmo decimale del rapporto fra M(a,b) e C(a,b).
M(a,b) è la frequenza di sostituzione dell’amminoacido a nell’amminoacido b osservata nei 71 gruppi di proteine omologhe considerate.
C(a,b) è la frequenza di sostituzione attesa, stimata come prodotto delle frequenze degli amminoacidi a e b nei 71 gruppi di proteine omologhe considerate.