L'approccio shotgun
Consiste nel sequenziamento sistematico di piccoli frammenti del genoma, clonati in una "libreria shotgun".
I frammenti di sequenza ottenuti mediante il sequenziamento shotgun son inviati ai programmi di assemblaggio, che determinano possibili sovrapposizioni dei frammenti e creano dei contig, in cui le sequenze originali sono unite a formare una sequqnza di cnsensus. I programmi di assemblaggio devono considerare il fatto che il DNA genomico è costituito da due eliche complementari e che l’intersezione nel vettore può avvenire in entrambi i sensi; nella ricerca di sovrapposizioni ogni sequenza quindi dovrà quindi essere considerata sia come tale, sia come l’inverso-complementare.
